商转公是不能只转一部分的，应该不能部分转公积金，只能全部转。因为公积金中心需要抵押你的房产证的他项权。不全款还清银行，银行应该不会给你注销房本的他项权证。而且商转公只适用于纯商贷或者纯公积金贷款，组合贷是不能转公积金贷款的。
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